生物安全柜使用HEPA過濾，層流氣流，以操作者，環境和樣品的保護。出于無菌的目的，對于0.3微米大小的顆粒，HEPA過濾器的效率通常為99.99+％。

　　典型的微生物程序通常利用本生燃燒器或其他明火來消毒和/或減少交叉污染;但是，由于以下幾個原因，不建議在生物安全柜內使用這種明火：

　　生物安全柜通過在機柜的工作區域上傳遞向下層流氣流（以恒定速度單向行進的空氣，沒有湍流）來維持樣品保護。熱空氣上升，因此任何明火都會使空氣上升到層流下降，產生湍流并阻礙生物安全柜保護工作區域樣品的能力。

　　如果明火變得太熱，它還具有熔化粘合劑的能力，該粘合劑將HEPA過濾介質保持在其框架上。這破壞了HEPA過濾器的有效性，導致正壓通風系統中的安全殼損失。

　　如果火焰熄滅并且供氣閥保持打開，則可燃氣體將不受限制地引入機柜。在A2生物安全柜中，生物安全柜中70％的空氣被再循環，可燃氣體的濃度可能達到性潛力，不僅對生物安全柜，而且對用戶和實驗室構成嚴重風險它占據了。

　　在生物安全柜的近乎無微生物的環境中不需要明火。在開放式工作臺上，燃燒培養容器的頸部將產生向上的氣流，防止微生物落入管或燒瓶中。然而，BSC中的明火產生湍流，破壞了供應到工作表面的HEPA過濾空氣的模式。當認為必要時，可以使用配備有指示燈以按需火焰的觸摸板微型燃燒器。工作完成后必須關閉燃燒器。小型電動“爐”可用于凈化細菌環和針，并且優于生物安全柜內的明火。應盡可能使用一次性或可回收的無菌環。

　　如上面所述，如果認為需要火焰，那么廣泛使用的設備類型是本生燈的更安全的品。其中一些采用低調的踏板減弱火焰;其他人檢測運動。